Die erste Erwähnung des Namens Kettenis fällt in das Jahr 1214. Der Ort verdankt sein Entstehen einem Rittergut. Von dieser Burg ist nichts mehr erhalten, jedoch lässt sich die wahrscheinliche Lage bestimmen. Noch heute zeigt das Ortszentrum eine Ringstraße, gebildet aus einem Teil der Winkelstraße, einem Teil der Talstraße (Türmchenstraße), dem Lindenberg, eine Teil der Weimser Straße und der sogenannten Vyllgasse. Innerhalb dieses Ringes lag vermutlich das Burggelände. Auf der Burg wohnte eine Adelsfamilie, die den Namen des Ortes trug.
Im Mittelalter gehörte Kettenis (sowie die umliegenden Gebiete) zum Herzogtum Limburg (Bank Walhorn), ab 1288 zum Herzogtum Brabant, kam bald in den Besitz der Herzöge von Burgund, wurde später Teil der spanischen und dann der österreichischen Niederlande und ab 1795 französisch. Nach dem Wiener Kongress (1815) kam das Gebiet zu Preußen und wurde nach dem Versailler Vertrag (1919) belgisch. Im Zuge der Gemeindefusionen wurde das Gebiet der ehemaligen Gemeinde Kettenis ab dem Jahr 1977 Teil der Stadt Eupen.
Ursprünglich lebten die Ketteniser von Viehzucht und Ackerbau. Im 18. Jahrhundert begannen die Ketteniser in ihren Wohnungen für die Eupener Tuchfabrikanten zu weben und zu spinnen. Im Jahre 1841 standen etwa 300 Webstühle im Ort. Im Jahr 1860 waren mehr als die Hälfte der Bewohner von der Weberei abhängig. Kettenis war ein Weberdorf geworden. Nach 1900 klapperte kein Webstuhl mehr im Dorf. Der Bau der Fernstraße nach Aachen in preußischer Zeit im Jahr 1828 teilte das Dorf in zwei Teile.
Die Geschichte von Kettenis ist eng verbunden mit den drei wunderbaren Wasserschlössern (Weims, Waldenburghaus und Libermé) sowie den zwei Herrenhäusern Philippenhaus und Schloss Tal aus dem 17. und 18. Jahrhundert, die noch immer bewohnt sind und genutzt werden.